Pour faire ce constat, le médecin en charge doit procéder à des examens médicaux sur l’employé, espacés de 15jours (sauf évidence flagrante) et devant le constat de l’inaptitude, tenter de formuler des mesures de reclassement en ce qui concerne ce dernier au sein de l’entreprise. Si ce reclassement est impossible, et dans ce cas seulement, le licenciement peut être possible et validé. La procédure de licenciement pour inaptitude s'apparente à celle du licenciement pour motif personnel. Une convocation à l'entretien préalable doit être envoyée par lettre recommandée avec accusé de réception. La date de l'entretien doit se situer avant la fin du mois qui suit la seconde visite médicale. Lors de l’entretien, le chef d’entreprise exposera clairement à son salarié les raisons exactes basées sur les comptes rendus de la médecine du travail, qui le poussent, après avoir recherché une alternative à sa décision, à rompre définitivement le contrat de travail qui le lie à son employé.
À l’identique, la lettre devra mentionner clairement et explicitement le motif.
Le montant des indemnités de licenciement varie selon la situation. Si l'incapacité fait suite à un accident ou une maladie non professionnels, il a le droit à l'indemnité compensatrice de congés payés ainsi qu'à l'indemnité légale de licenciement. Si l'incapacité découle d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle, le salarié a le droit à l'indemnité compensatrice de congés payés, à une indemnité spéciale de licenciement équivalente au double de l'indemnité légale et à l'indemnité compensatrice de préavis. L’inaptitude au travail résulte donc de problèmes de santé, qu’ils soient psychiques ou physiques, qui ne doivent pas être assimilés à l’incapacité qui fait l’objet d’une procédure différente. Par exemple un salarié jusqu’alors sans souci particulier peut développer subitement une allergie prononcée aux produits qu’il manipule, le médecin constatera si le diagnostic se prolonge, une inaptitude à continuer son emploi selon les mêmes conditions. Le chef d’entreprise devra alors solliciter l’inspection du travail pour qu’il autorise au vu de la loi, si le reclassement ne peut être envisagé, ce licenciement.